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Um cuidado essencial na limpeza das lentes (objetiva e ocular) realizada pelo usuário comum de um microscópio óptico é:
lavá-las com água e sabão neutro sempre após o uso
submetê-las a ultrassom para remover partículas incrustadas
utilizar papel comum ou tecido para esfregar e remover a gordura
desmontar as lentes para limpar suas partes internas periodicamente
usar uma solução álcool-éter e panos específicos, como papel de lens, para limpeza