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A filogenia, compreendida como a reconstrução das relações evolutivas e do grau de parentesco entre os organismos ao longo do tempo, constitui uma ferramenta central na sistemática biológica. Tendo em vista esse conceito, a filogenia:
tem aplicação restrita à classificação taxonômica, sendo irrelevante para áreas como conservação biológica, epidemiologia e biogeografia
fundamenta-se exclusivamente em registros fósseis, desconsiderando dados comparativos de morfologia, embriologia e sequências moleculares
limita-se à descrição fenotípica dos organismos, não incorporando evidências moleculares ou genéticas na inferência das relações evolutivas
permite inferir padrões de ancestralidade comum, testar hipóteses evolutivas e subsidiar estratégias de conservação ao identificar linhagens evolutivamente distintas