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A prática de biologia molecular encerra um conjunto amplo de protocolos padronizados e o uso de diferentes tecnologias disponibilizadas em equipamentos específicos para esta prática. Dentre os protocolos tipicamente utilizados, atualmente, em experimentação de biologia molecular podemos apontar:
Cultivo de células em meio de hidroponia.
Inserção de genes de interesse em vetores de expressão.
Sequenciamento de sequências curtas de nucleotídeos de DNA em escala manual, em laboratório.
Separação de componentes celulares ou sedimentação de DNA/RNA por meio de ultracentrifugação.