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Durante o estudo de microrganismos presentes em diferentes ambientes, como o solo, o intestino humano e os oceanos, os cientistas podem utilizar abordagens distintas de análise do material genético. Em alguns casos, o DNA é obtido a partir de um único organismo cultivado em laboratório; em outros, o DNA é extraído diretamente de uma amostra ambiental, contendo material genético de muitos organismos diferentes, inclusive daqueles que não podem ser cultivados.
A principal diferença entre a genômica tradicional e a metagenômica está no fato de que a metagenômica:
Analisa exclusivamente o genoma de organismos eucariontes, enquanto a genômica tradicional se aplica apenas a procariontes.
Depende do cultivo prévio dos microrganismos para garantir a separação correta de seus genomas.
Permite o estudo do conjunto de genes de comunidades inteiras diretamente do ambiente, sem necessidade de isolar cada espécie.
Investiga apenas genes relacionados ao metabolismo energético, enquanto a genômica tradicional estuda o DNA completo.
Substitui completamente a genômica tradicional, tornando desnecessário o sequenciamento de organismos isolados.