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Os principais efeitos da eutrofização nos ambientes aquáticos continentais são:
Aeração nas camadas profundas, favorecendo espécies estenóxicas bentônicas.
Florações algais, que ampliam a transparência hídrica por fixarem sólidos suspensos.
Aumento de macrófitas, que reduzem matéria orgânica, mitigando subprodutos clorados carcinogênicos.
Hipereutrofia, que estabiliza a ictiofauna comercial ao suprimir espécies oportunistas.
Anoxia, que provoca mortalidade em massa de peixes e invertebrados.