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O desenvolvimento embrionário funciona como uma janela para o passado evolutivo dos animais. Ele revela pistas sobre como diferentes grupos surgiram, se diversificaram e compartilham ancestrais comuns. Essa análise permite comparar embriões e identificar padrões, estruturas e processos que foram conservados ao longo da evolução, ajudando a reconstruir a história dos animais.
Na ilustração a seguir é representado um corte transversal de uma etapa do desenvolvimento embrionário de um vertebrado:

(Wikipédia. Disponível em: https://pt.wikipedia.org/wiki/Mesoderme#/media/Ficheiro:Embri%C3%A3o_vertebrado.jpg. Adaptado)
Os números (1 a 5) indicam estruturas típicas dessa etapa do desenvolvimento embrionário, de tal forma que
3 representa o folheto embrionário endoderme que origina os ossos.
4 representa a região do arquêntero que dá origem ao intestino.
5 representa o tecido embrionário que origina o revestimento da parede intestinal.
2 representa o folheto embrionário que dá origem às células do sistema nervoso.
1 representa a estrutura primitiva que dá origem à coluna vertebral.