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A análise microbiológica da água e dos alimentos é fundamental para a identificação de contaminação e prevenção de doenças transmitidas por microrganismos. No Brasil, a qualidade microbiológica da água destinada ao consumo humano e dos alimentos é regulamentada por normas específicas que estabelecem microrganismos indicadores, padrões microbiológicos e critérios de análise. Considerando os princípios da microbiologia sanitária e médica e os parâmetros legais brasileiros, compreende-se que:
a detecção de Escherichia coli em água para consumo humano indica contaminação fecal, sendo exigida sua ausência em 100 mL nas situações previstas pelo padrão brasileiro de potabilidade; nos alimentos, a pesquisa e/ou enumeração de microrganismos devem seguir os critérios microbiológicos estabelecidos para cada categoria de produto
a presença de Escherichia coli na água potável é permitida quando sua concentração é baixa, pois essa bactéria não apresenta relação com contaminação de origem fecal
os padrões microbiológicos dos alimentos estabelecem os mesmos microrganismos e limites para todos os produtos, independentemente de sua composição, processamento ou forma de consumo
a análise microbiológica de água e de alimentos baseia-se exclusivamente na contagem total de bactérias, não sendo necessária a pesquisa de microrganismos indicadores ou patogênicos específicos