Uma das idéias básicas da pesquisa em bioinformática é a
noção de homologia. Na ramificação da bioinformática na
genômica, a homologia é utilizada para predição de uma
função de determinado gene. Dessa forma, se a seqüência do
gene A, a qual possui uma função conhecida, é homóloga ao
gene B, cuja função não é conhecida, então o gene B pode
ter função similar ao gene A. Na ramificação da
bioinformática no genoma estrutural, a homologia é utilizada
para determinar quais os locais das proteínas são importantes
na formação da estrutura e interação com outras proteínas.