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Diferente de outros minerais do solo, os íons amônio e nitrato - as formas de nitrogênio assimiláveis pelas plantas – não são derivados do intemperismo das rochas. Embora o relâmpago produza pequenas quantidades de nitrato - que se precipita no solo pela chuva, a maior parte do nitrogênio do solo provém da atividade de bactérias.
No ciclo do nitrogênio, bactérias
do gênero Rhizobium são responsáveis pela nitrificação, etapa que converte nitrogênio gasoso em amônia.
amonificantes transformam aminoácidos oriundos da decomposição da matéria orgânica, em nitrato.
do gênero Nitrosomonas transformam íons amônio em nitrito.
desnitrificantes, anaeróbias, convertem íons amônio em gás nitrogênio.
do gênero Azotobacter, aeróbicas de vida livre, participam da oxidação de nitrito a nitrato.