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Para um programa sanitário eficiente os animais devem ser submetidos aos exames microbiológicos. As amostras devem ser coletadas:
de animais de diferentes idades, ração, água, maravalha, gaiolas e bebedouros.
somente de animais mais velhos, ração e água que vão estar em contato direto com os animais.
somente de animais positivos aos exames sorológicos de triagem, ração e água que estarão em contato direto com os animais.
apenas de animais que morrem sem causa definida e gaiolas e bebedouros.
somente de animais recém-desmamados, ração, água, maravalha, gaiolas e bebedouros