O método de coloração de Ziehl-Neelsen é utilizado para a detecção de bacilos BAAR (bacilos álcool-ácido-resistentes) e é utilizado rotineiramente para o diagnóstico laboratorial de
Candida albicans.
Mycobacterium tuberculosis.
Streptococcus pneumoniae.
Vibrio cholerae.
Bacillus anthracis.