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Os métodos biológicos costumam ser bastante utilizados no tratamento de efluentes industriais. Entretanto, uma desvantagem desta prática é:
a necessidade de uma pequena área para sua implementação, principalmente para os métodos aeróbicos;
o difícil controle da população de microorganismos, que requer rigoroso acompanhamento das condições de pH, temperatura e nutrientes;
o fato dos microorganismos não alterarem seu metabolismo mesmo que ocorram alterações no ambiente;
a necessidade de um tempo relativamente curto para que os efluentes atinjam padrões exigidos;
a capacidade dos microorganismos de degradar qualquer substância.