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As normas de biossegurança aplicadas a biotérios no Brasil são regulamentadas por resoluções do CONCEA (Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal) e por legislações complementares da ANVISA, como a RDC n.º 50/2002, que trata da infraestrutura e organização de áreas de saúde e de pesquisa. Essas normas estabelecem que os biotérios devem possuir barreiras sanitárias e sistemas de circulação que garantam a separação entre fluxos limpos (entrada de animais, materiais esterilizados e equipamentos higienizados) e fluxos sujos (saída de resíduos, animais descartados e materiais contaminados). Essa separação é fundamental para prevenir contaminação cruzada, proteger o bem-estar animal e assegurar a validade científica dos experimentos. Com base nessas diretrizes, é coerente dizer que:
a separação de fluxos limpos e sujos é obrigatória, devendo ser implementada por meio de barreiras físicas, antecâmaras e protocolos de circulação com uso de EPIs
a prevenção de contaminação cruzada depende apenas da esterilização de materiais, não sendo necessária a organização de fluxos distintos
é permitido que animais recém-chegados e resíduos biológicos utilizem o mesmo corredor, desde que haja supervisão técnica
a circulação de pessoal em áreas de biotério pode ocorrer sem restrições, desde que os animais estejam em colônias SPF
a RDC n.º 50/2002 trata apenas de hospitais e não se aplica às instalações de biotérios