De acordo com a construção doutrinária e jurisprudencial, configura hipótese de violação do princípio do promotor natural:
designação de órgão de composição pluripessoal, de atuação despersonalizada, com anuência do Promotor de Justiça com atribuição natural;
designação de Promotores de Justiça em sistema de mutirão, com anuência do Promotor de Justiça com atribuição natural;
signação de um Promotor de Justiça cuja intervenção se justifique a partir de critérios abstratos e prédeterminados, estabelecidos em lei;
designação prévia e motivada de um Promotor de Justiça para atuar na sessão de julgamento do Tribunal do Júri, com anuência do Promotor de Justiça com atribuição natural;
designação de um Promotor de Justiça ad hoc ou de exceção com a finalidade de processar uma pessoa ou caso específico.