Os Recursos do Fundo Nacional de Saúde, de acordo com a Lei no 8.142, de 1990, serão alocados como:
investimentos previstos no Plano Anual do Ministério do Planejamento;
investimentos previstos no Plano Quinquenal do Ministério da Saúde;
investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Executivo e aprovados pelo Conselho Nacional;
despesas de custeio e de capital do Ministério do Planejamento.