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Medidas de controle no uso do desinfetante glutaraldeído têm sido adotadas para segurança ocupacional e dos usuários dos serviços de saúde. Dessa forma, o uso do glutaraldeído é contraindicado para desinfecção na seguinte situação:
Para desinfecção de equipamentos óticos, por ser corrosivo.
No manuseio de materiais termossensíveis, pelos danos aos produtos.
Materiais de assistência ventilatória, devido à irritação das vias aéreas.
Utilização por profissionais grávidas, devido aos efeitos teratogênicos.
Desinfecção manual de materiais, devido aos efeitos carcinogênicos para a saúde dos profissionais.