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Durante o armazenamento, as sementes podem sofrer a ação danosa de vários fatores externos, acarretando graves prejuízos à sua qualidade. Dentre esses fatores, dois grupos de fungos, denominados fungos de armazenamento, destacam-se por provocarem redução da germinação, descoloração do tegumento, alterações bioquímicas, produção de toxinas e redução do peso da semente. Esses fungos são espécies dos gêneros:
Pythium e Phytophthora;
Verticillium e Fusarium;
Colletotrichum e Verticillium;
Fusarium e Colletotrichum;
Aspergillus e Penicillium.