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Estudos científicos demonstram que os SAFs, em pleno desenvolvimento, podem fixar quantidades muito significativas de carbono, pois quanto maior o metabolismo e taxa fotossintética, maior a absorção de carbono pelas plantas. Dessa forma, podemos afirmar que o potencial das agroflorestas em sequestrar carbono é:
Sempre muito alto, geralmente superior ao das áreas de florestas primárias.
Muito variável, pois depende do tipo de sistema, da composição das espécies, da idade das plantas, da localização geográfica, de fatores ambientais (clima e solo) e de práticas de manejo.
Variável, de acordo com as espécies presentes na área e idade das plantas.
Fixo, dependendo unicamente das espécies presentes na área.
Muito baixo, sendo irrelevantes.