São desvantagens da propagação vegetativa, exceto:

Necessita de espaço e de mão-de-obra para a manutenção do matrizeiro.

Gera alto custo na aquisição de mudas clonadas.

Produz menor quantidade de indivíduos, quando comparada à propagação por sementes.

Exige elevado cuidado com a sanidade das plantas, a fim de evitar a propagação de doenças por partes vegetativas.

Permite fixação de características desejáveis ao longo das gerações.