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O cultivo protegido, quando realizado de forma inadequada, pode ocasionar rapidamente a salinização. Os sais presentes no solo elevam-se até a superfície e concentram-se, podendo inicialmente ocasionar deficiência nutricional e, em seguida, distúrbios, em decorrência de sua alta concentração no solo. A ocorrência de sais no solo pode ter duas origens, a saber:
matéria orgânica e adubação nitrogenada em excesso
fertilizantes com elevado índice salino e matéria orgânica em excesso
águas subterrâneas de qualidade inferior e água contaminada por agrotóxicos
água contaminada com agrotóxicos e adição de fertilizantes com elevado índice salino
águas subterrâneas de qualidade inferior e adição de fertilizantes com elevado índice salino