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Para medir o desempenho ecológico de sistemas agroflorestais, o pesquisador deve usar descritores e princípios de sustentabilidade ecológica. Quanto aos princípios usados para avaliação do desempenho ecológico, o sistema agroflorestal deve:
diversificar, integrar e associar processos e produtos pelo menos na área de preservação ecológica.
garantir a conservação da capacidade produtiva ou de suporte do ambiente.
potencializar as perdas de solo.
suprimir a preservação da biodiversidade nativa.
promover a insalubridade e não causar contaminação ambiental.