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O manejo integrado de pragas (MIP) preconiza o uso de múltiplas estratégias de controle. A adoção de plantas transgênicas resistentes a insetos, como o milho Bt, deve ser combinada com:
Aplicação intensiva de inseticidas químicos.
Eliminação de inimigos naturais das pragas.
Redução da diversidade de culturas.
Uso de refúgios para preservar a susceptibilidade das pragas.