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No solo ocorrem inúmeras reações metabólicas complexas, sendo que os microrganismos são os principais desencadeadores destes fenômenos. Neste caso, o conceito básico de organismos heterotróficos e autotróficos é simplificado demais, quando se trata de microrganismos com toda sua grande plasticidade metabólica.
Assim, os microrganismos podem ser classificados de acordo com sua fonte
Fonte de energia.
Fonte de C inorgânico.
Fonte de nutrientes.
Fonte de energia, fonte de C e nutrientes.
Fonte de C orgânico.