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Plantas daninhas reduzem a produtividade agrícola não apenas pela competição direta por luz, água e nutrientes, mas também por mecanismos indiretos que afetam a sanidade e o equilíbrio dos sistemas produtivos. É um efeito indireto comumente associado à presença de plantas daninhas:
alteração da taxa de assimilação de CO2 pelas culturas, em virtude da liberação de compostos secundários voláteis que reduzem a eficiência fotossintética.
atuação como hospedeiras alternativas de insetospraga, fungos fitopatogênicos e nematoides, funcionando como reservatórios epidemiológicos.
incremento da porosidade e aeração do solo, favorecendo a lixiviação de nutrientes e o surgimento de deficiências minerais.
fixação biológica de nitrogênio atmosférico em simbiose com bactérias rizosféricas, aumentando indiretamente a fertilidade disponível para a cultura principal.