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Em uma ETA, a água que já foi filtrada ainda pode conter organismos patogênicos, que provocam ou podem provocar, direta ou indiretamente, alguma doença. Em relação a esse fato, pode-se afirmar que
a desinfecção tem o objetivo de eliminar os organismos patogênicos que, porventura, tenham sido removidos durante o tratamento de água.
existem diversos meios e produtos para se fazer a desinfecção, podendo-se citar o cloro, o hipoclorito de cálcio, o hipoclorito de sódio, o dióxido de cloro, o ozônio e a radiação ultravioleta
fatores como o tempo de contato, a mistura do produto com a água e o pH do meio(água) não influenciam na eficiência da desinfecção por cloração.
o cloro e seus compostos são os desinfetantes menos utilizados no Brasil, devido, principalmente, ao seu poder de desinfecção e ao fato de seu custo ser relativamente inacessível.