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As macrófitas aquáticas são vegetais que, durante a evolução, retornaram do ambiente terrestre para o aquático. Devido a isso, apresentam várias características de vegetais terrestres, como presença de cutícula e estômatos não funcionais. As macrófitas aquáticas podem colonizar os mais diferentes ambientes, EXCETO:
Fitotelmos: Espécies de Utricularia que crescem na água acumulada da bainha de bromeliáceas.
Fontes termais: A macrófita aquática Najas tequifolia habita nascentes com água gelada em torno de 0°C.
Cachoeiras: Várias espécies da família Podostemonanceae são restritas a esse ambiente.
Lagos, lagoas, represas e brejos: Maioria das espécies de macrófitas aquáticas.
Ambientes salobros: Estuários, lagunas e lagos de regiões áridas – Najas marina e Scirpus maritimus.