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A desinfecção pode ser caracterizada pela destruição seletiva de microrganismos patogênicos indesejáveis ao consumo humano. Essa operação deve ser barata, eficiente e segura ao operador; conferir concentração residual; ser inofensiva ao consumidor e apresentar toxicidade significante aos microrganismos. Diante desses requisitos, o cloro tornou-se largamente utilizado na desinfecção da água. Sobre a desinfecção com cloro pode-se então afirmar que:
seu emprego promove a desinfecção da água em tempo e dosagem muito reduzidos, além de garantir-lhe concentração residual;
o desempenho dessa etapa independe do pH do meio;
a necessidade de se manter o residual de desinfetante na rede se justifica pelo risco de volatilização do cloro durante a distribuição;
este agente exerce primeiramente o efeito desinfetante, para a posterior oxidação da matéria orgânica, amônia e outros compostos;
o tempo de contato, as características da água, o tipo e a quantidade de microrganismos são fatores que interferem no seu desempenho.