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Existem diversos arranjos estruturais para os lodos ativados, que variam de acordo com as características do esgoto, com os resultados esperados e com os recursos disponíveis. O sistema de lodos ativados, na sua configuração básica, não é capaz de decompor o nitrogênio total, sendo hábil apenas em promover a:
remoção do nitrito.
remoção da amônia.
fosforização.
remoção do nitrato.
remoção do fósforo da matéria orgânica.