Vários processos relacionados à decomposição da matéria orgânica ocorrem na interface água-sedimento em ambientes aquáticos. Dependendo da quantidade de matéria orgânica e taxa de acumulação dos sedimentos, esses processos são separados verticalmente, levando a uma estratificação vertical, com a formação de zonas diagenéticas. A figura abaixo mostra perfis verticais de compostos na água intersticial do sedimento, e a variação das concentrações permitem identificar as seguintes zonas diagenéticas (da superfície para o fundo):
Zona sub-óxica -> Zona óxica -> Zona anóxica metanogênica -> Zona Anóxica Sulfídica.
Zona óxica -> Zona anóxica metanogênica -> Zona anóxica Sulfídica -> Zona sub-óxica.
Zona óxica -> Zona Sub-óxica -> Zona anóxica metanogênica -> Zona Anóxica Sulfídica.
Zona óxica -> Zona sub-óxica -> Zona anóxica Sulfídica -> zona anóxica metanogênica.
Zona óxica -> Zona anóxica metanogênica ->Zona Sub-óxica -> Zona Anóxica Sulfídica.