Assim como acontece no ser humano, os organismos aquáticos podem ver-se atacados por uma série de agentes patogênicos, desde os mais simples até os mais complexos. Assim quais são esses agentes:
A
Fungos, bolores, leveduras, nematóides e agentes intracelulares.
B
Ascídias, esponjas, cnidários e microcrustáceos.
C
Vírus, bactérias, riquétsias e clamídias, fungos, protozoários, parasitas complexos (metazoários; vermes e crustáceos).
D
Bactérias, bastonetes, macroinvertebrados, esporos e ovos de resistência.