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Sabe-se que os micro-organismos podem desempenhar papéis muito importantes nos alimentos, sendo possível classificá-los em grupos distintos. Os micro-organismos capazes de
causar alterações químicas danosas, que resultem em modificações de cor, odor, sabor e textura nos alimentos, são classificados como deteriorantes.
produzir enterotoxinas durante sua proliferação no alimento, causando intoxicações alimentares, são classificados como deteriorantes.
modificar as características originais dos alimentos a fim de transformá-los em um novo produto, são classificados como patogênicos.
aderir à mucosa intestinal, proliferando-se e desencadeando respostas imunológicas que comprometam a integridade do hospedeiro, são classificadas como transformadores.