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Os microrganismos indicadores são comumente utilizados para avaliar a segurança e a higiene no preparo dos alimentos. São características dos microrganismos indicadores:
Ser detectável de forma fácil e rápida; estar sempre presente quando o patógeno associado estiver presente; possuir taxa de mortalidade ligeiramente superior à do patógeno associado.
Possuir taxa de crescimento inferior à do patógeno associado; estar ausente quando o patógeno associado estiver presente; estar presente em números elevados quando o patógeno associado estiver presente.
Ser detectável de forma fácil e rápida; estar ausente quando o patógeno associado estiver presente; possuir taxa de mortalidade ligeiramente inferior à do patógeno associado.
Possuir taxa de mortalidade equivalente à do patógeno associado; estar ausente quando o patógeno associado estiver presente; possuir características e taxas de crescimento diferentes das do patógeno.
Estar ausente quando o patógeno associado estiver presente; possuir taxa de mortalidade ligeiramente superior à do patógeno associado; possuir taxa de crescimento inferior à do patógeno associado.