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Frequentemente, em represas e rios submetidos à eutrofização artificial, ocorrem proliferações indesejadas de algas e, mais acentuadamente, de macrófitas aquáticas, as quais podem causar prejuízos significativos e variados. São considerados métodos eficientes para o controle de macrófitas aquáticas, EXCETO:
Remoção mecânica, em que é retirada a biomassa aérea e subterrânea destes vegetais.
Introdução de efluentes ricos em nitrogênio e fósforo, os quais irão provocar o aumento direto da mortandade das macrófitas via hidrólise fotossintética.
Controle biológico, que pode ser realizado através de dois processos básicos: atuação de herbívoros e atuação de agentes patogênicos, muito embora, em certos casos, o parasitismo possa ser considerado.
Uso de anteparos para sombrear a superfície da água que, assim, irá reduzir radiação solar incidente e, consequentemente, a biomassa das macrófitas aquáticas. Podem ser usados anteparos (colocados nas margens ou sobre a superfície da água), corantes ou árvores (plantadas nas margens).