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A farmácia hospitalar desempenha um papel fundamental para o sucesso de um programa de racionalização do uso de antimicrobianos e de controle de infecção. Entre suas funções, pode-se destacar:
a divulgação do perfil de sensibilidade das bactérias frente aos antimicrobianos
o levantamento da frequência de indicação profilática e terapêutica dos antimicrobianos
a notificação rápida das bactérias multirresistentes de todos os tipos
a investigação de surtos decorrentes do aumento frequente de casos de resistência