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O processo de gestão da farmácia hospitalar muitas vezes faz uso de indicadores com o objetivo de identificar os fatores críticos, e permitir a comparação entre a situação da farmácia hospitalar e a literatura. Desta forma a escolha de um indicador deve ser pautada em:
Especificidade; validade e pertinência; simplicidade e baixo custo de obtenção.
Facilidade de compreensão; modelo teórico já testado; cálculo facilitado.
Alta complexidade de cálculo; validade; representatividade no processo de avaliação.
Especificidade; clareza no processo de avaliação; importação de outro modelo hospitalar