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A farmácia hospitalar pode ser definida como unidade clínica de assistência técnica, administrativa e contábil, dirigida por profissional farmacêutico que visa atender toda a comunidade hospitalar no âmbito dos produtos farmacêuticos, integrada técnica e hierarquicamente às atividades hospitalares. Nesse sentido, não é função da farmácia hospitalar:
seleção de medicamentos, germicidas e correlatos necessários ao hospital, realizada pela Comissão de Controle de Infecções Hospitalares - CCIH.
aquisição, conservação e controle dos medicamentos selecionados, estabelecendo níveis adequados para aquisição por meio de um gerenciamento apropriado dos estoques.
manipulação, produção de medicamentos e germicidas.
estabelecimento de um sistema racional de distribuição de medicamentos, para assegurar que eles cheguem ao paciente com segurança, no horário certo e na dose adequada.
implantação de um sistema de informação sobre medicamentos, para obtenção de dados objetivos que possibilitem à equipe de saúde otimizar a prescrição médica e a administração dos medicamentos.