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O território brasileiro é dividido pelo IBGE em diversos biomas, tais como Mata Atlântica, Caatinga e Cerrado. No interior de cada bioma existe também uma variedade de espécies vegetais das quais podem formar subsistemas. O estado do Maranhão está localizado na confluência entre os biomas da Amazônia, Cerrado e Caatinga, sendo que o município de São Luís, segundo o IBGE, localiza-se no sistema:
lacustre pantanoso;
costeiro marinho;
lacustre metropolitano;
costeiro do cerrado;
lacustre do sertão.