Embora as capitanias hereditárias tenham sido uma tentativa inicial de colonização do Brasil, sua estruturação revelou-se inadequada para enfrentar os desafios da colonização efetiva. Nesse sentido, a coroa portuguesa acabou por abolir esse sistema e implementar o sistema de capitanias reais, que:
Permitia maior controle por parte da coroa sobre as terras e a administração colonial, nomeando governadores-gerais para representar os interesses da coroa em cada região.
Reforçava a descentralização do poder, mantendo os donatários como líderes locais autônomos.
Dividia o território em pequenas unidades administrativas, cada uma com seu próprio sistema político independente.
Permitia que os donatários estabelecessem suas próprias leis.
Dependiam exclusivamente dos investimentos e recursos financeiros dos próprios donatários para desenvolver suas terras.