Entre as atribuições da Agência Nacional de Águas, está (estão):

arbitrar os conflflitos existentes entre Conselhos Estaduais de Recursos Hídricos.

fiscalizar e punir os infratores por lançamentos de poluição feitos em desacordo com a licença ambiental.

decidir sobre regularização de ações de uso e ocupação do solo nas bacias hidrográficas.

aprovar o Plano Nacional de Recursos Hídricos.

outorgar o direito de uso de recursos hídricos e fiscalizar o uso de recursos hídricos de domínio da União.