Ela reorganiza o que há muito se tornou hábito, dotando-o...

o prefixo que entra na composição de reorganizar tem o mesmo valor que o encontrado em "regredir".

o pronome relativo que (o que há) se refere ao antecedente o (o que há).

o pronome o (o que há) é da mesma natureza do encontrado em dotando-o.

dotando-o de equivale a "se lhe favorece com".

se fosse colocada uma vírgula depois da expressão há muito, a frase estaria também pontuada de acordo com norma padrão da língua escrita.