A análise está inadequada em relação à concordância: “Nem tudo são imperfeições. E se for, faz parte também.".
O verbo fazer deveria, obrigatoriamente, estar no plural.
O verbo "ser" tem um predicativo no plural, “imperfeições”.
A concordância na primeira oração é atrativa.
Concordando com o sujeito, "tudo é imperfeição” está correto.