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Em muitas ocasiões, é difícil diferenciar Doença de Crohn e retocolite ulcerativa. Sobre estas duas doenças, pode-se afirmar:
A doença perianal acontece apenas na Doença de Crohn.
A infertilidade na mulher é mais comum na retocolite ulcerativa.
A calprotectina fecal aumentada significa doença inflamatória em atividade.
Sangramento intestinal é comum nas duas doenças.
As manifestações oculares são as manifestações extra-intestinais mais frequentes.