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A morbidade e mortalidade referentes ao exame endoscópico das vias aéreas e seus procedimentos associados são baixos, porém não desprezíveis. Com relação às complicações inerentes a broncoscopia, observa-se:
arritmias cardíacas, apesar de frequentes, são benignas, não acarretando risco de vida ao paciente
presença de febre após lavado broncoalveolar é raro e deve ser considerado evento grave
anestesia tópica com lidocaína, mesmo sem broncoscopia, pode causar queda no VEF1s
a intensidade da hipóxia não se correlaciona com gravidade do paciente, sendo sempre severa