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A colonoscopia é considerada como a técnica de maior acuidade para o diagnóstico de lesões estruturais do cólon, especialmente neoplasia. Classicamente sua principal indicação seria a de complementar achados radiológicos duvidosos. Na hemorragia digestiva baixa, no entanto, seria a primeira opção propedêutica após a retossigmoidoscopia. São, dentre outras, indicações para Colonoscopia, EXCETO:
Pacientes portadores de estudo radiológico contrastado onde poderemos nos deparar com duas situações, a saber: exame anormal, sendo necessário e conveniente estudo endoscópico com coleta de material para estudo histológico, e exame normal ou duvidoso em contexto não bem explicado, como por exemplo paciente com alteração de hábito intestinal, anemia ou perda de sangue pelo reto.
Avaliação endoscópica e histológica de extensão de doença inflamatória crônica intestinal em paciente em tratamento, com diagnóstico confirmado e geralmente em acompanhamento clínico por mais de 6 meses.
Seguimento com pesquisa de displasia em portadores de retocolite ulcerativa com doença inativa e após decorrer o prazo indicado para entrada nesta rotina.
Portador de doença inflamatória ativa grave como por exemplo megacólon tóxico.