A autoclave pode ser utilizada para esterilizar instrumentos cirúrgicos. Seu funcionamento combina a ação do calor, a pressão e a umidade na destruição de microrganismos, por agirem na estrutura genética da célula.
Para a esterilização de instrumentos cirúrgicos metálicos é recomendável a utilização de estufa em vez de autoclave, porque aquela irradia calor seco, o qual é mais penetrante que o calor úmido e tem uma distribuição mais uniforme dentro da câmara.