A esofagite eosinofílica tem achados endoscópicos altamente sugestivos, mas requer biópsias com mais de 15 eosinófilos por campo de grande aumento para confirmação diagnóstica.

Na candidíase esofagiana, as placas brancas típicas podem ser facilmente removidas com a lavagem endoscópica da área acometida e não há lesão subjacente.

A esofagite herpética em imunocompetentes se manifesta tipicamente por grandes úlceras do esôfago com alto risco de hemorragia secundária.

O papiloma do esôfago não é uma manifestação da infecção da mucosa esofagiana pelo papilomavírus (HPV).