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A esterilização ou descontaminação dos materiais endodônticos deve ser feita corretamente da seguinte forma:
Os instrumentos endodônticos (limas) são considerados artigos semicríticos e, portanto, devem ser esterilizados através da autoclave.
Os instrumentos endodônticos (limas) devem ser esterilizados através da autoclave com exposição do material por 30 minutos à temperatura de 121ºC.
Os cones de guta-percha não podem ser submetidos à esterilização por autoclave, portanto, devem ser descontaminados em solução de hipoclorito de sódio de 1% a 2% por 15 segundos.
Antes de serem esterilizados, os instrumentos endodônticos devem ser limpos e deixados ligeiramente úmidos para proceder com o acondicionamento e empacotamento do material.