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A microbiota da cavidade oral é colonizada por cerca de 400 a 500 diferentes tipos de micro-organismos, distribuídos no epitélio bucal, dorso da língua, superfície dental e epitélio do sulco gengival. Poucas espécies estão relacionados à doença cárie; entre elas encontramos:
staphylococcus aureus.
streptococcus sobrinus.
actinobacillus actinomycetencomitans.
enterococcus faecalis.
pseudômonas aerugina.