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De acordo com o mecanismo de ação, os antibióticos frequentemente utilizados em odontologia podem ser divididos em três grupos, na parede celular, na síntese proteica, na síntese de ácidos nucleicos. Desta maneira:
Mesmo estando presente em células de mamíferos, a membrana celular é alvo da ação de aminoglicosídeos;
Metronidazol atua no momento da divisão celular bacteriana;
Tetraciclinas inibem a síntese proteica ao impedir a ligação do t-RNA À ribossomos (unidades 30s ou 40s);
Lincosamidas e macrolídios atuam intereferindo com a síntese de ácidos nucleicos.