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Em infecções endodônticas secundárias, frequentemente associadas à persistência pós-tratamento, observa-se predominância de espécies resistentes e organizadas em biofilme maduro. A resistência desse biofilme decorre principalmente de:
Mutação genética isolada com aumento de virulência.
Estrutura matricial extracelular que dificulta penetração de antimicrobianos.
Neutralização total do hipoclorito pelo fluido dentinário.
Exclusiva colonização extrarradicular.